โครงสร้างของโมเลกุลมีความสำคัญมากเนื่องจากจะให้ข้อมูลว่าโมเลกุลจะมีปฏิกิริยาอย่างไรกับสารประกอบอื่น ๆ รูปร่างจะกำหนดจุดเยือกแข็งสารประกอบจุดเดือดความผันผวนสถานะสสารความตึงผิวความหนืดและอื่น ๆ มันง่ายกว่าที่จะเข้าใจโครงสร้างสารประกอบโดยดูจากแบบจำลอง 3 มิติ พันธะที่แตกต่างกันจะมีมุมที่แตกต่างกันและองค์ประกอบที่แตกต่างกันในสารประกอบจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน ยิ่งองค์ประกอบและพันธะในสารประกอบสูงเท่าไรเรขาคณิตที่ซับซ้อนและซับซ้อนมากขึ้น
วาดโครงสร้างของโมเลกุลที่เลือกโดยใช้โครงสร้างลูอิสดอท โครงสร้างของลูอิสดอทแสดงองค์ประกอบหลักจำนวนอิเลคตรอนของวาเลนซ์และสิ่งที่สารประกอบถูกผูกมัดกับสารประกอบกลาง
กำหนดมุมที่ต้องการรอบสารประกอบหลักแต่ละอัน สารประกอบที่มีพันธะสี่พันธะจะแยกกัน 109.5 องศาในการจัดเรียง tetrahedral สามพันธะในการจัดระนาบตรีโกณมิติจะถูกคั่นด้วย 120 องศา พันธะสองออกจากสารประกอบหลักอยู่ในการจัดเรียงเชิงเส้นและถูกคั่นด้วย 180 องศา
ทาสีลูกบอลโฟมให้มีสีที่เหมาะสม ลูกบอลโฟมสำหรับคาร์บอนจะมีสีเดียวกันลูกบอลออกซิเจนโฟมจะเป็นสีอื่นและลูกบอลไฮโดรเจนเป็นสีเพิ่มเติม องค์ประกอบที่แตกต่างกันมากขึ้นในการผสมสีที่ต้องการมากขึ้น
เชื่อมต่อลูกด้วยไม้ไอติมหรือน้ำยาทำความสะอาดท่อ ใช้มุมยึดของสารประกอบเพื่อทำให้โครงสร้างถูกต้อง การยึดท่อเดี่ยวจำเป็นต้องใช้น้ำยาทำความสะอาดท่อเดียวพันธะคู่น้ำยาทำความสะอาดท่อสองท่อและน้ำยาสามตัวน้ำยาสามท่อ สำหรับการเชื่อมต่อที่แข็งแรงให้วางกาวไว้ที่ปลายของน้ำยาทำความสะอาดท่อก่อนที่จะใส่เข้าไปในลูกบอลโฟม