เนื้อหา
ในเจลอิเล็กโทรโฟเรซิสตัวอย่างของดีเอ็นเอหรือโปรตีนจะถูกแยกออก - โดยทั่วไปจะขึ้นอยู่กับขนาด - โดยการใช้สนามไฟฟ้าที่ทำให้พวกมันอพยพผ่านเจล การใช้เจลอิเล็กโทรโฟเรซิสเป็นประจำในห้องปฏิบัติการวิจัยทางชีวการแพทย์และใช้ในการตอบคำถามที่แตกต่างหลากหลายดังนั้นจึงไม่มีวิธีที่เป็นสากลในการวิเคราะห์ผลลัพธ์
ตัวอย่างเทคนิคต่าง ๆ เช่นการซับแบบตะวันตก, การซับในภาคเหนือและการซับใต้ตัวอย่างเช่นทั้งหมดเกี่ยวข้องกับเจลอิเล็กโตรโฟรีซิส
หากคุณกำลังทำ agarose gel electrophoresis ของตัวอย่าง DNA ซึ่งเป็นขั้นตอนที่พบได้บ่อยที่สุดคุณจะต้องทำอย่างน้อยสองอย่าง: 1) แยก plasmids ที่ไม่ได้เจียระไนออกจากส่วนแทรก plasmids ที่ถูกตัดและ plasmids และ 2) ประมาณขนาดของสิ่งต่างๆ ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีเส้นโค้ง Excel มาตรฐานหรือเครื่องคิดเลข
นี่เป็นวิธีการทำงาน
ตรวจสอบสมุดบันทึกห้องปฏิบัติการของคุณเพื่อดูว่าตัวอย่างใดถูกโหลดลงในช่องทางใด เมื่อคุณโหลดหลุมสำหรับเจลของคุณคุณควรจดบันทึกข้อมูลประจำตัวของแต่ละเลน / ตัวอย่าง
ตรวจสอบช่องทางที่มี "บันได" ของมาตรฐานดีเอ็นเอ เหล่านี้เป็นชิ้นส่วนของความยาวที่รู้จัก ระยะทางในการย้ายถิ่นของพวกเขาสามารถใช้เพื่อกำหนดขนาดของชิ้นส่วนตัวอย่างโดยใช้เส้นโค้งมาตรฐาน Excel หรือเครื่องคิดเลขอื่น
ใช้ไม้บรรทัดวัดระยะทางในรูปภาพของคุณจากหลุมไปยังสีย้อมติดตามซึ่งจะเดินทางไกลกว่าแถบดีเอ็นเอใด ๆ (ในคำอื่น ๆ มันจะอยู่ที่ด้านล่างของเจล) บันทึกหมายเลขนี้ - หน่วยที่คุณใช้ arent สำคัญ
วัดระยะทางในภาพของคุณจากหลุมไปยังแต่ละวงใน "บันได" แล้วแบ่งระยะทางนั้นตามระยะทางที่เดินทางโดยวงสีย้อมติดตาม การคำนวณนี้ให้ความคล่องตัวสัมพัทธ์ของแต่ละแบนด์
ตัวอย่าง: สมมติว่าแถบสีย้อมมีขนาด 6 นิ้วและเรามีสามแถบที่มีขนาด 5, 4.5 และ 3.5 นิ้ว
การเคลื่อนที่แบบสัมพันธ์คืออะไร? คำตอบ: เราแบ่ง 5, 4.5 และ 3.5 ด้วย 6 เพื่อรับความสามารถในการเคลื่อนที่สัมพัทธ์ของ 0.833, 0.75 และ 0.5833
ป้อนความสามารถในการเคลื่อนที่สัมพัทธ์ลงในโปรแกรมสเปรดชีตของคุณ (Excel หรือโปรแกรมอื่นที่คล้ายคลึงกันที่คุณใช้) พร้อมกับขนาดในหน่วยกิโลกรัมของแต่ละส่วนในบันได
ผู้ผลิตให้ขนาดของแต่ละส่วนในบันไดที่จัดหาให้ดังนั้นคุณควรมีข้อมูลนี้อยู่แล้ว
สร้างกราฟข้อมูลที่มีการเคลื่อนที่สัมพัทธ์กับ x และขนาดเป็นกิโลกรัมของ y
ใช้ฟังก์ชัน Trendline ในโปรแกรมสเปรดชีตของคุณเพื่อให้สมกับข้อมูล สมการนี้ควรเป็นสมการกำลังไฟฟ้า (เช่น x ^ -2) และควรพอดีกับข้อมูลค่อนข้างดี (สัมประสิทธิ์ R อย่างน้อย 0.9) สิ่งนี้จะสร้างเส้นโค้งและเส้นโค้ง Excel มาตรฐาน
ดูวงดนตรีที่สอดคล้องกับตัวอย่างของคุณ
โปรดจำไว้ว่าชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีขนาดเล็กกว่าจะเดินทางผ่านเจลมากกว่าชิ้นดีเอ็นเอขนาดใหญ่ดังนั้นสิ่งที่อยู่ใกล้กับสีย้อมที่ติดตามจะมีขนาดเล็กที่สุด อย่างไรก็ตามโปรดทราบว่าหากดีเอ็นเอของพลาสมิด (แบบวงกลม) ไม่ได้เจียระไนก็จะกลายเป็น "supercoiled" หรือบิดเป็นสายโทรศัพท์ซึ่งจะทำให้เดินทาง ไกลออกไป กว่า DNA เชิงเส้นที่มีขนาดเท่ากัน
ในทำนองเดียวกันพลาสมิด "ที่ถูก" ซึ่งถูกตัดอย่างไม่สมบูรณ์จะเดินทางไป สั้น ระยะทางมากกว่า DNA เชิงเส้นที่มีขนาดเท่ากัน ดังนั้นคุณไม่สามารถประมาณขนาดของพลาสมิดที่ยังไม่ได้เจียระไนจากเจลของคุณ
จับคู่แบนด์ในแต่ละเลนกับข้อมูลประจำตัวของตัวอย่างที่คุณโหลดในเลนนั้นและพิจารณาว่าสิ่งที่คุณเห็นคือสิ่งที่คุณคาดหวัง สิ่งนี้จะขึ้นอยู่กับลักษณะของการทดสอบของคุณ
อย่างไรก็ตามโดยทั่วไปถ้าคุณย่อยพลาสมิดแทรกด้วยเอนไซม์ จำกัด สองตัวคุณคาดว่าเม็ดมีดจะถูกปลดปล่อยจากพลาสมิด
เนื่องจากมันมีขนาดเล็กกว่าพลาสมิดมากคุณคาดว่าจะเห็นสองวงในเลนนั้นวงหนึ่งอยู่ใกล้ด้านบนและอีกวงหนึ่งลงมาใกล้ด้านล่าง พลาสมิดตัดกับเอนไซม์ จำกัด เพียงอันเดียวควรก่อตัวเป็นวงเดี่ยวที่เดินทางไกลกว่าการตัดพลาสมิดเล็กน้อยด้วยเอนไซม์ จำกัด สองอัน แต่ไม่มีที่ไหนใกล้เท่าที่แทรกเข้าไป
วัดระยะทางจากหลุมไปยังพลาสมิดที่ถูกตัดแล้วใส่แถบด้วยไม้บรรทัดของคุณ แบ่งตัวเลขเหล่านี้ตามระยะทางที่เดินทางด้วยสีย้อมติดตามเพื่อค้นหาความคล่องตัวของเม็ดมีดและพลาสมิดที่ถูกตัด
เสียบความคล่องตัวของเม็ดมีดและตัดพลาสมิดเข้าไปในสมการที่โปรแกรมคำนวณของคุณคำนวณ การคำนวณนี้ควรให้ขนาดโดยประมาณของพลาสมิดเหล่านี้